Theo sử liệu, chùa Yên Phú hình thành vào thời Hai Bà Trưng, khoảng năm 40 đầu Công nguyên, do vị sư tổ Phương Dung lập nên. Bà và hai người con nuôi Trung Vũ, Đài Liệu đã có công chiêu lập nghĩa quân, tham gia đánh quân Nam Hán dưới ngọn cờ khởi nghĩa của Hai Bà Trưng. Sau khi mất, ba mẹ con bà được Trưng Nữ Vương phong thần, còn dân làng tôn là thành hoàng làng và thờ phụng đời đời.

Cũng theo sử sách, năm 1789, trong trận Ngọc Hồi, chùa Yên Phú được vua Quang Trung chọn làm đại bản doanh của quân Tây Sơn. Kháng chiến chống Pháp 1947 - 1954, chùa là nơi nuôi giấu cán bộ Việt Minh. Trong kháng chiến chống Mỹ, chùa là kho hậu cần chi viện cho bộ đội Thủ đô.

Do lịch sử hình thành lâu đời nên chùa Yên Phú đã trải qua nhiều lần trùng tu, tôn tạo, gần đây nhất là năm 2011. Kiến trúc cổ duy nhất còn sót lại trong chùa là khu vườn tháp mộ. Hầu hết các công trình kiến trúc ngày nay đều được xây mới, bề thế nhưng vẫn tuân thủ phong cách kiến trúc truyền thống Bắc Bộ. Kiến trúc chùa được bố trí theo hình chữ “Nhất”, gồm 3 tòa nhà ba tầng xếp thành hàng ngang. Hai cổng tam quan nội, ngoại gồm ba cấp mái cao thấp khác nhau, bên trên đề chữ quốc ngữ, ghi tên chùa Yên Phú và một bên là cổng Giác ngộ, một bên là cổng Giải thoát. Sau tam quan là tòa tam bảo, bên trong là Phật điện bài trí hệ thống tượng tròn phong phú.

Trong chùa hiện còn bảo lưu nhiều di vật quý như bản thần phả thời vua Lê Anh Tông, niên hiệu Hồng Phúc (1572); 23 đạo sắc phong thời Lê Trung hưng và thời Nguyễn, trong đó sắc sớm nhất là năm 1647, muộn nhất là năm 1924; 3 văn bia niên đại 1902, 1922, 1929; hệ thống hoành phi câu đối, đồ thờ; quả chuông “Thanh Vân tự chung” đúc năm 1890, 33 pho tượng mang phong cách nghệ thuật cuối thế kỷ XIX...

Lễ hội chùa và hội làng Yên Phú diễn ra từ mùng 5 đến mùng 7 tháng Mười Một hằng năm, đến nay vẫn giữ nhiều phong tục truyền thống.

Năm 1988, chùa Yên Phú được xếp hạng Di tích lịch sử quốc gia.

Theo Quỳnh Ngọc (HNMO)