Quốc hội đã biểu quyết thông qua Luật Thuế GTGT sửa đổi. Ảnh: quochoi.vn

Trước khi các đại biểu Quốc hội ấn nút biểu quyết thông qua, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách Lê Quang Mạnh trình bày Báo cáo giải trình, tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật Thuế GTGT (sửa đổi) gồm 4 chương, 17 điều.

Về đối tượng không chịu thuế (Điều 5), có ý kiến nhất trí với nội dung trong dự thảo Luật và cho rằng, việc cho phép không nộp thuế GTGT đầu ra nhưng lại được khấu trừ thuế GTGT đầu vào là không đúng nguyên tắc của thuế GTGT. Có ý kiến đề nghị giữ như dự thảo Luật Chính phủ trình Quốc hội tại kỳ họp thứ bảy.

Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng, trên thực tế, chính sách này đến nay không còn phù hợp và cần thiết, do các doanh nghiệp đã chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử, cơ quan thuế đã có thể nâng cao chất lượng kiểm soát và khắc phục tình trạng gian lận hóa đơn.

Đặc biệt, dự thảo Luật đã bổ sung quy định về điều kiện để được hoàn thuế, trong đó, người mua chỉ được hoàn thuế trong trường hợp “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế”, tạo căn cứ pháp lý cho cơ quan thuế chỉ giải quyết hồ sơ hoàn thuế khi bên bán đã kê khai và nộp tiền vào ngân sách nhà nước. Do đó, sẽ không xảy ra trường hợp hoàn thuế cho các hóa đơn giả khi không có giao dịch và không có số thuế đầu vào đã được nộp vào ngân sách.

Đồng thời, ngày 26-11-2024, Tổng Thư ký Quốc hội đã gửi xin ý kiến đại biểu về 2 phương án xử lý vấn đề trên. Qua tổng hợp ý kiến, 70,50% tổng số đại biểu Quốc hội cho ý kiến tán thành việc bỏ quy định cho phép không nộp thuế GTGT đầu ra nhưng lại được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với nông sản chưa chế biến hoặc sơ chế ở khâu thương mại để bảo đảm nguyên tắc của thuế GTGT là chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi đầu ra thuộc diện chịu thuế GTGT.

Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách Lê Quang Mạnh trình bày Báo cáo giải trình. Ảnh: quochoi.vn

Về ý kiến đề nghị xem xét, nâng mức ngưỡng doanh thu không chịu thuế GTGT lên trên mức 200 triệu đồng; có ý kiến đề nghị ở mức khoảng 300 triệu đồng hoặc 400 triệu đồng cho những năm tới, Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng, Luật Thuế GTGT hiện hành quy định mức doanh thu không chịu thuế GTGT là 100 triệu đồng/năm. Theo số liệu tính toán của Bộ Tài chính, nếu quy định mức doanh thu không chịu thuế là 200 triệu đồng/năm thì số thu ngân sách nhà nước sẽ giảm khoảng 2.630 tỷ đồng; nếu mức doanh thu không chịu thuế là 300 triệu đồng/năm, thì số thu ngân sách nhà nước sẽ giảm khoảng 6.383 tỷ đồng. Do đó, để bảo đảm mức tăng hợp lý của ngưỡng doanh thu không chịu thuế, tương đối phù hợp với tỷ lệ tăng GDP và CPI bình quân từ năm 2013 đến nay, dự thảo Luật quy định ngưỡng doanh thu 200 triệu đồng/năm.

Quốc hội đã biểu quyết thông qua Luật Thuế GTGT sửa đổi. Ảnh: quochoi.vn

Về thuế suất (Điều 9), nhiều ý kiến thống nhất với đề xuất áp thuế suất 5% đối với phân bón. Một số ý kiến đề nghị giữ như quy định hiện hành; có ý kiến đề nghị áp dụng thuế suất 0% hoặc 1%, 2%. Có ý kiến đề nghị đánh giá toàn diện tác động của quy định này đối với nông dân và sản xuất nông nghiệp, thủy sản.

Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho biết, nếu quy định phân bón áp dụng thuế suất 0% thì sẽ bảo đảm lợi ích cho cả doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước và doanh nghiệp nhập khẩu vì đều sẽ được hoàn thuế GTGT đầu vào đã nộp và không phải nộp thuế GTGT đầu ra. Tuy nhiên, trong trường hợp này, hằng năm, Nhà nước sẽ phải bỏ ra ngân sách để hoàn thuế cho các doanh nghiệp. Ngoài yếu tố bất cập đối với ngân sách nhà nước, việc áp dụng thuế suất 0% đối với phân bón là trái với nguyên tắc, thông lệ của thuế GTGT là mức thuế suất 0% chỉ áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, không áp dụng với tiêu dùng trong nước.

Còn nếu quy định thêm mức thuế suất 2%, sẽ phải kết cấu lại Luật Thuế GTGT, như thiết kế khoản riêng về mức thuế suất, bổ sung quy định hoàn thuế GTGT đối với trường hợp này...

Để thể hiện đúng quan điểm của Quốc hội trong việc xử lý vấn đề trên, qua gửi xin ý kiến đại biểu, 72,67% tổng số đại biểu Quốc hội cho ý kiến tán thành với đề nghị của Ủy ban Thường vụ Quốc hội và Chính phủ theo hướng quy định thuế suất 5% đối với mặt hàng phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp, tàu khai thác thủy sản. Nội dung này đã được thể hiện tại khoản 2 Điều 9 của dự thảo Luật.